5 model pemerintahan di Indonesia

Sejak reformasi, memiliki 5 model pemerintahan daerah tingkat provinsi, yakni ;

• berdasarkan UU no.32/ 2004 tentang pemerintahan daerah yang dijalankan di 28 provinsi
• Daerah Khusus Ibukota ( DKI ) Jakarta
• Nanggroe Aceh Darussalam ( NAD )
• otonomi khusus ( otsus ) yang berlaku di Papua dan Papua Barat
• Daerah Istimewa Yogyakarta ( DIY )

Ada 5 model pemerintahan daerah selevel provinsi yang berlaku di Indonesia. Hanya Yogya yang dasar hukumnya dipolemikkan begitu kencang. Indonesia adalah negara kesatuan, bukan federal. Kendati begitu sistem pemerintahan daerah di negeri ini tidak seragam berlaku untuk 33 provinsi.
Sejak 1950, DIY dijalankan berdasarkan UU Keistimewaan no.3 tahun 1950. Kini, pemerintah menggodok RUU Keistimewaan baru, yang kemudian menjadi polemik, gara2 soal pemilihan atau penetapan gubernur. Papua dan NAD memperoleh pengakuan dari negara sejak 2001 ketika disahkannya UU Otonomi Khusus. Keistimewaan Aceh terlihat dari diterapkannya syariat Islam bagi kaum muslim dan diperbolehkannya partai politik lokal terlibat dalam pemilihan kepala daerah ( pilkada ) dan pemilu nasional.
Pemerintah Aceh dapat mengadakan kerjasama dengan lembaga/ badan di luar negeri. Pengangkatan Kepala Kepolisian Aceh dilakukan  Kapolri dengan persetujuan gubernur. Pengangkatan Kepala Kejaksaan Tinggi Aceh dilakukan  Jaksa Agung dengan persetujuan gubernur. NAD mendapat hak lebih besar dalam bagi hasil pajak dan sumber daya alam. Pemerintah Aceh berwenang memberikan hak guna bangunan dan hak guna usaha bagi penanaman modal dalam negeri dan asing sesuai dengan norma, standar dan prosedur yang berlaku. Hak semacam ini tak dimiliki oleh provinsi lain.
Di Papua dan Papua Barat, gubernur hanya boleh dari ras Melanesia. Di kedua provinsi itu dibentuk Majelis Rakyat Papua. Papua dan Papua Barat berhak mengadakan kerjasama dengan lembaga/ badan di luar negeri yang diatur dengan keputusan bersama. Seperti juga NAD, Papua dan Papua Barat punya hak mendapat bagi hasil pajak dan sumber daya alam, juga dapat melakukan penyertaan modal pada BUMN dan perusahaan2 swasta yang berdomisili dan beroperasi di wilayah provinsi Papua.
DKI Jakarta tidak memiliki DPRD Kota. Walikotanya tidak ditentukan melalui proses pilkada. Gubernur DKI dapat mengikuti sidang kabinet, jika menyangkut kepentingan ibukota negara. Gubernur DKI memiliki 4 deputi yang diangkat oleh presiden, berdasarkan usul gubernur. Sebagian pendanaan pemerintah DKI, sebagian dianggarkan dalam APBN.
Indra J.Piliang, menilai pelbagai variasi itu menunjukkan Indonesia memang menganut paham Bhineka Tunggal Ika. Bukan hanya dalam budaya, melainkan juga sistem pemerintah daerahnya. Itu sebabnya, tak ada salahnya, jika Sultan Yogya, yang sekarang atau pun nanti, ditetapkan secara otomatis sebagai Gubernur DIY. Penetapan itu bagian dari sejarah bangsa dan negara Indonesia yang memang tidak seragam.